O procurador-geral da República, Antonio Fernando Souza, determinou a interrupção das obras de transposição do rio São Francisco porque decisão do Supremo Tribunal Federal e decreto de 1990 foram descumpridos. Ele pediu ao STF a imediata paralisação das obras e a suspensão da licença de instalação até o cumprimento de todos os requisitos estabelecidos na decisão do Supremo, em 18 de dezembro de 2006, e no decreto 99274/90. A licença para os trechos I e II do Eixo Norte e V do Eixo Leste, de março de 2007, descumpriu normas e não houve nova rodada de audiências públicas. Há também problemas no parecer técnico do Ibama.